Beliggende hvor Priorgade, Filosofgangen og Danneskjolds Alle mødes. Den blev bygget i 1901 efter tegning af kgl. Bygningsinspektør Vilhelm Petersen, med F.C.C. Hansen som konduktør. Stueetagen skulle rumme zoologiske, geologiske og etnografiske mærkværdigheder, som var skænket skolen gennem årene. Hele førstesalen var tænkt til Hauchs Physiske Cabinet.

Allerede 2 år senere, i 1903 kom gymnasiereformen. Det meste af samlingen blev derfor gemt væk i kasser indtil 1977-78, hvor fysiksamlingen blev flyttet til Vænget.

Naturfagsbygningen er moderniseret til nutidens undervisning.