Mørup er en mindre herregård, kendt fra 1584, hvor den hørte under Sorø Akademi, altså kronen. Mørup var da forlenet til kongens tjenere, som en art pension og tillige tænkt som kongens jagtgård.

Fra 1672 kom Mørup på private hænder, idet Ulrik Fr. Gyldenløve fik skøde på Mørup.

Mørup blev stamhus for sønnen under geheimekonferensråd E.C.greve Knuth. Stamhuset ophævedes dog allerede i 1803.

Ved en auktion i 1825 (landbrugskrisen) solgtes Mørup til Sorø Akademi, som stadig ejer gården.

I 1828 oprettedes et agerdyrknings- og forstinstitut for 12 elever. Få år efter blev uddannelsen opgivet igen pga. for få elever.

Gården brændt i 1743 og igen delvis i 1868 og i 1911. Hovedbygningen er opført i 1801 og senere stærkt ombygget. De to sidefløje er nedrevet sidst i 1900-tallet i forbindelse med en renovering af stuehuset,

Der hører i 2001 268 ha til gården, som er forpagtet ud.