De tomme akademibygninger brændte i 1813. Det fine barokanlæg gik til, kun kirken blev skånet. Det var samme år, som staten gik bankerot. Først 9 år senere blev der råd til at gå i gang med at bygge nyt efter branden.

Frederik VI bestemte ved en fundats af 1822 at oprette en skole i Sorø igen. De første år boede eleverne rundt om i lejede bygninger, mens der blev bygget et nyt Akademi under ledelse af arkitekt Peder Malling. Skolen stod færdig i 1826 og indviet af kongen i 1827. Det blev en lærd skole, som lagde vægt på en ny tid. En akademisk skole, som udbyggede kendskabet til naturvidenskaberne og moderne sprog, bl.a. engelsk. Desuden et institut for landbrug og skovbrug, og samtidig en kostskole, som man dengang kaldte en opdragelsesanstalt.

Skolen fik en akademisk overbygning, som skulle udbygge kendskabet til naturvidenskab og sprog og forberede eleverne til studier på universitetet. Nogle ting fungerede ikke rigtigt, og man var nær på en ændring, da kongen, Christian VIII, døde i 1848, og Danmark kom i krig.