Fr. II oprettede en fyrsteskole og sikrede dens fremtid ved at skænke den ”sit og Kronens Kloster” i Sorø til betaling. Det blev en skole for 30 adelige og 30 ikke adelige.

Tanken var at uddanne dem til tjeneste i kirkerne og som embedsmænd med ”politiske bestillinger”. Skolens lærere var højt ansete og dygtige folk.

Kong Fr.II sendte sin søn Christian (senere Chr. IV) og hans bror Ulrik, samt nogle andre unge højadelsfolk til stedet. Skoleopholdet blev dog kort for dem, idet der udbrød en epidemi, som tvang børnene bort.

På 400 års dagen afslørede Soransk Samfund en mindestele på plænen mellem kirken og hovedbygningen. Her lå i klostertiden munkenes kapitelsal. Det er en 3 m høj granitsten, der bærer kongens monogram, et slynget FS. Det er tolket både som Frederik og Sophie og som Frederik Secundas.